Calcolatore del contenuto percentuale GC del DNA
La frazione GC è (G+C)/lunghezza, in percento. Canone 120, 115, 130, 125 → 47,9592%.
Perché un decimale su 490 basi non è pedanteria
Su 490 nucleotidi, 235 GC. 47,9592% vs 48% è una base su ~2500 in scala, ma su questa finestra è la frazione esatta. I primer “al 50% GC” del canone Tm sono un altro oggetto (20 nt). Qui A e T (130 e 125) non sono uguali: 5 basi di differenza, AT-skew lieve, GC-skew G 120 vs C 115.
Organismi termofili alzano il GC; isole CpG non coincidono con il GC globale. Questa pagina somma quattro interi, non annota isole.
Prima di una PCR, calcola il GC dell’amplicone e dei primer a parte.
Prima di iniziare
Conteggi A,T,G,C sulla stessa stringa. Canone 130, 125, 120, 115. Niente doppi conteggi.
Casi d’uso comuni
- Finestra 490 basi → 47,9592%
- Confrontare due contig
- Ponte a Tm (50% sul primer da 20 nt)
- Didattica Chargaff (A≈T, G≈C: qui quasi)
- Escludere N esplicitamente
- Non inserire percentuali
Come utilizzare questa calcolatrice
- Guanine (G) = 120
- Cytosine (C) = 115
- Adenine (A) = 130
- Thymine (T) = 125
- Leggi GC content (%) = 47,9592
Procedura dettagliata passo dopo passo
Alessia conta in una finestra di sequenza.
GC% = 235/490×100 = 47,9592.
Controllo: se A=0,T=0,G=120,C=115 → 100% su 235 basi, un altro problema.
Cosa porta via: “120+115+130+125=490, GC=47,9592%”.
Formula e metodo
gcPercent = (G+C)/(A+T+G+C)×100
Canone: g 120, c 115, a 130, t 125, gcPercent 47.9592.
Comprendere ogni input
Quattro conteggi e l’uscita 47,9592.
Ipotesi
- Solo A,T,G,C, stessa sequenza, totale>0.
Errori comuni con Calcolatore del contenuto percentuale GC del DNA
- Percentuali nei campi conteggio
- Dimenticare T
- U non mappato
- Arrotondare 47,9592 a 50 “per la Tm” senza ricalcolare l’oligo
Esempi realizzati
- Canone. 47,9592%.
- Primary-outputs. Stesso.
- Solo GC. 235/235=100%.
- Primer 20 nt 50%. 10 GC: altra pagina Tm.
- Chargaff. A 130 vs T 125, G 120 vs C 115.
Interpretare i risultati
| Campo | Cosa guardare |
|---|---|
| GC content (%) | 47,9592. Sotto 50, leggermente AT-rich. |
Registrazione e condivisione dei risultati
Quattro conteggi, %, finestra, riferimento genoma.
Consigli pratici
- Finestra scorrevole: ripeti, non una media di percentuali diverse senza pesi.
- Per Tm, usa lunghezza e GC% dell’oligo.
- Bisulfito: C non è più C.
Replica sul banco e tracciabilità
Nel piattaforma NGS didattica a Bologna Ettore ripete i numeri d’oro (G 120, C 115, A 130, T 125, GC 47,9592% su 490 basi) sullo stesso finestra di un contig batterico, poi cambia un solo dato per vedere se il pannello reagisce in modo monotono. Il primo errore che cerca è incollare 47,9592 nel campo GC di un primer da 20 nt. Lo strumento di confronto è file FASTA e un conteggio dei quattro caratteri. Il passo successivo, quando i numeri tornano, è Tm dell’oligo con il suo GC, non con la finestra genomica. Lo skew AT (130 vs 125) e GC (120 vs 115) è piccolo ma reale: Chargaff non esige uguaglianza esatta su 490 basi. Se la finestra include un plasmidorich GC, 47,9592% non rappresenta il cromosoma intero: dichiara coordinate.
La sessione 1 di Ettore nel piattaforma NGS didattica a Bologna non riusa il verbale precedente: annota data, operatore e selettori, perché un refresh cancella i campi di questo strumento. Se un collega ottiene un altro risultato su G 120, C 115, A 130, T 125, GC 47,9592% su 490 basi, confrontano etichette prima della formula. Resta un aiuto didattico sul finestra di un contig batterico: confermare con il protocollo locale, non certificare una pubblicazione solo da questa pagina.
Ettore rilegge ad alta voce le unità accanto a G 120, C 115, A 130, T 125, GC 47,9592% su 490 basi, poi chiede se il modello usato su finestra di un contig batterico è ancora quello del banco. Se non lo è, cambia strumento invece di stirare il numero. Sul quaderno restano valori, ipotesi e limite, così file FASTA e un conteggio dei quattro caratteri e il canone si possono ripetere dopo giorni.
Nel piattaforma NGS didattica a Bologna Ettore ripete i numeri d’oro (G 120, C 115, A 130, T 125, GC 47,9592% su 490 basi) sullo stesso finestra di un contig batterico, poi cambia un solo dato per vedere se il pannello reagisce in modo monotono. Il primo errore che cerca è incollare 47,9592 nel campo GC di un primer da 20 nt. Lo strumento di confronto è file FASTA e un conteggio dei quattro caratteri. Il passo successivo, quando i numeri tornano, è Tm dell’oligo con il suo GC, non con la finestra genomica. Lo skew AT (130 vs 125) e GC (120 vs 115) è piccolo ma reale: Chargaff non esige uguaglianza esatta su 490 basi. Se la finestra include un plasmidorich GC, 47,9592% non rappresenta il cromosoma intero: dichiara coordinate.
La sessione 2 di Ettore nel piattaforma NGS didattica a Bologna non riusa il verbale precedente: annota data, operatore e selettori, perché un refresh cancella i campi di questo strumento. Se un collega ottiene un altro risultato su G 120, C 115, A 130, T 125, GC 47,9592% su 490 basi, confrontano etichette prima della formula. Resta un aiuto didattico sul finestra di un contig batterico: confermare con il protocollo locale, non certificare una pubblicazione solo da questa pagina.
Ettore rilegge ad alta voce le unità accanto a G 120, C 115, A 130, T 125, GC 47,9592% su 490 basi, poi chiede se il modello usato su finestra di un contig batterico è ancora quello del banco. Se non lo è, cambia strumento invece di stirare il numero. Sul quaderno restano valori, ipotesi e limite, così file FASTA e un conteggio dei quattro caratteri e il canone si possono ripetere dopo giorni.
Nel piattaforma NGS didattica a Bologna Ettore ripete i numeri d’oro (G 120, C 115, A 130, T 125, GC 47,9592% su 490 basi) sullo stesso finestra di un contig batterico, poi cambia un solo dato per vedere se il pannello reagisce in modo monotono. Il primo errore che cerca è incollare 47,9592 nel campo GC di un primer da 20 nt. Lo strumento di confronto è file FASTA e un conteggio dei quattro caratteri. Il passo successivo, quando i numeri tornano, è Tm dell’oligo con il suo GC, non con la finestra genomica. Lo skew AT (130 vs 125) e GC (120 vs 115) è piccolo ma reale: Chargaff non esige uguaglianza esatta su 490 basi. Se la finestra include un plasmidorich GC, 47,9592% non rappresenta il cromosoma intero: dichiara coordinate.
La sessione 3 di Ettore nel piattaforma NGS didattica a Bologna non riusa il verbale precedente: annota data, operatore e selettori, perché un refresh cancella i campi di questo strumento. Se un collega ottiene un altro risultato su G 120, C 115, A 130, T 125, GC 47,9592% su 490 basi, confrontano etichette prima della formula. Resta un aiuto didattico sul finestra di un contig batterico: confermare con il protocollo locale, non certificare una pubblicazione solo da questa pagina.
Ettore rilegge ad alta voce le unità accanto a G 120, C 115, A 130, T 125, GC 47,9592% su 490 basi, poi chiede se il modello usato su finestra di un contig batterico è ancora quello del banco. Se non lo è, cambia strumento invece di stirare il numero. Sul quaderno restano valori, ipotesi e limite, così file FASTA e un conteggio dei quattro caratteri e il canone si possono ripetere dopo giorni.
Nel piattaforma NGS didattica a Bologna Ettore ripete i numeri d’oro (G 120, C 115, A 130, T 125, GC 47,9592% su 490 basi) sullo stesso finestra di un contig batterico, poi cambia un solo dato per vedere se il pannello reagisce in modo monotono. Il primo errore che cerca è incollare 47,9592 nel campo GC di un primer da 20 nt. Lo strumento di confronto è file FASTA e un conteggio dei quattro caratteri. Il passo successivo, quando i numeri tornano, è Tm dell’oligo con il suo GC, non con la finestra genomica. Lo skew AT (130 vs 125) e GC (120 vs 115) è piccolo ma reale: Chargaff non esige uguaglianza esatta su 490 basi. Se la finestra include un plasmidorich GC, 47,9592% non rappresenta il cromosoma intero: dichiara coordinate.
La sessione 4 di Ettore nel piattaforma NGS didattica a Bologna non riusa il verbale precedente: annota data, operatore e selettori, perché un refresh cancella i campi di questo strumento. Se un collega ottiene un altro risultato su G 120, C 115, A 130, T 125, GC 47,9592% su 490 basi, confrontano etichette prima della formula. Resta un aiuto didattico sul finestra di un contig batterico: confermare con il protocollo locale, non certificare una pubblicazione solo da questa pagina.
Ettore rilegge ad alta voce le unità accanto a G 120, C 115, A 130, T 125, GC 47,9592% su 490 basi, poi chiede se il modello usato su finestra di un contig batterico è ancora quello del banco. Se non lo è, cambia strumento invece di stirare il numero. Sul quaderno restano valori, ipotesi e limite, così file FASTA e un conteggio dei quattro caratteri e il canone si possono ripetere dopo giorni.
Limitazioni e quando non utilizzarlo
Niente qualità Phred, niente RNA, niente 5-metilC.